กองกิจการนักศึกษา ได้ก่อตั้งขึ้นตามโครงสร้างหน่วยงานในสำนักงานอธิการบดี ตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2520 โดยมีงานต่าง ๆ ในสังกัดกองกิจการนักศึกษา ได้แต่ งานกิจกรรม งานแนะแนวการศึกษา งานวินัยนักศึกษา งานอนามัย งานบริการและสวัสดิการ ตั้งอยู่ที่ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ท่าพระจันทร์
ต่อมาในปี พ.ศ. 2548 มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ได้มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างหน่วยงาน และการแบ่งส่วนราชการมหาวิทยาลัยโดยกองกิจการนักศึกษายังอยู่ภายใต้โครงสร้างสำนักงานอธิการบดีบางหน่วยงานในสังกัดกองกิจการนักศึกษาได้เปลี่ยนชื่อ และปรับการกิจของหน่วยงาน ได้แก่ งานวินัยและพัฒนานักศึกษา งานอนามัยและงานแนะแนวการศึกษาและอาชีพ ในขณะที่งานบริการและสวัสดิการนักศึกษา และงานกิจกรรมนักศึกษา ยังคงภารกิจและชื่อเดิม นอกจากนี้กองกิจการนักศึกษา มีภารกิจเพิ่มเติมที่ต้องรับผิดชอบดูแลศูนย์บริการนักศึกษาพิการ และศูนย์อาสาสมัครอีกด้วย
ในปี พ.ศ. 2567 มหาวิทยาลัยฯ ได้มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างอีกครั้ง โดยปรับให้เหลือ 4 หน่วยงาน ได้แก่ งานยุทธศาสตร์กิจการนักศึกษา งานกิจกรรมนักศึกษาและกีฬา งานทุน วินัย และสวัสดิการนักศึกษา และงานบริการและสร้างเสริมสุขภาพนักศึกษา
ปัจจุบันได้ปรับโครงสร้างและเปลี่ยนชื่อหน่วยงานใหม่เป็น 4 หน่วยงาน ดังนี้
- งานยุทธศาสตร์กิจการนักศึกษา
- งานกิจกรรมนักศึกษาและกีฬา
- งานทุน วินัย และสวัสดิการนักศึกษา
- งานบริการและสร้างเสริมสุขภาพนักศึกษา
